主角苏菲是，在齐尔亨．贝尔（キルヘン・ベル）的城镇郊外，只身一人努力经营着从祖母那所继承的炼金术工坊的 16 岁女孩。虽然身为炼金术士的技术仍不够纯熟，但却盼望着总有一天能够像祖母那样，运用炼金术为人们尽一份心力。这样的苏菲，自某天发现了祖母遗留在书架上的一本不可思议的书本后，就此展开了本作品的故事。
自苏菲将炼金术的食谱写上空白的页面起而使其意识苏醒的这本书，自称为普菈芙妲（プラフタ），而除此之外的记忆几乎全部遗失了。因此苏菲，为了要取回普菈芙妲的记忆而决定磨练身为炼金术士的技术，尽其所能地为普菈芙妲写上新的食谱。
基本的游戏流程，与至今为止的系列相同，于区域内进行探索收集材料，回到工坊后以材料来调合出道具。主线剧情虽是藉由调合与普菈芙妲的记忆有所关联的特定道具来进行，但由于并没有期限上的限制，玩家能够以自己的步调来进行游戏。
为了要进行道具的调合虽然需要食谱，但在本作品中，能够藉由采取发现稀有的材料，前往新的采集地，于战斗中使用道具等，各式各样的行动而产生 “灵光一现” 来学习到新的食谱。在食谱图鉴里，由于记载着能够想出下个食谱的提示，玩家可将此做为参考，试着采取各种不同的行动。
全面更新的战斗系统。伙伴们变得能够使用道具。
虽无需再次多加说明，但为了要进行道具的调合不仅要有食谱还必需准备材料。除了能在城镇中购得外，材料主要还是由探索区域进行采集来取得。在本作品内的城镇及区域存在着时间与天候的概念，因此即使在同一地点能够获得的材料也会有所变化这点十分地有趣。
能出外进行采集的区域，将随着普菈芙妲取回记忆而逐渐扩大 此外出现于区域内的敌人也会随着时间带有所变化，由于在夜晚时将会出现比起白天更为强劲的敌人玩家可得多加注意。本作品的战斗被取名为 “逻辑回合制战斗（ロジカルターンバトル）”，并加入了众多各种的新要素。
由于在同一个区域里于白天与夜晚下所出现的敌人将会产生变化玩家可得多加注意。
心想着不是应该只会出现普尼吗！但却..... 战斗的基本流程，虽采用在各个回合里输入所有角色的指令后来进行战斗这样令人熟悉的方式，但作为其特征的是位于画面左方的行动量表，当回合开始进行后将依量表最上方的角色来依序采取行动。
战斗为指令输入式的回合制战斗。玩家需留意敌我双方的行动顺序。 为此处关键的是，选择了什么样的指令，因应其行动将使角色的先后顺序产生变化这点。当回合开始时虽然比起敌人的行动顺序较早，但当选择攻击技能后却退至了敌人后方，可能产生此类令人惊讶的情况。因此玩家必需留意指令后的行动顺序，并以 “逻辑般” 的思考方式来进行战斗。
战斗中，以技能或道具等手段来攻击敌人将会使锁链连结（チェインリンク）的量表持续累积 另外在战斗中，能够切换攻击与防御的两种「站位型态（スタンス）」，当达成条件后选择相同站位型态的伙伴之间将会发动称之为「锁链连结」的支持连携。为了要使锁链连结发动必需累积画面左下方的量表，累积量表后将会自动地发动攻击用的「攻击协作（オフェンスアクト）」及防御用的「防御协作（デフェンスアクト）」等支援连携。
累积锁链连结的量表后，发动支持连携！ 上述的支持连携，将随着锁链连结的量表越为增加而变得更加强力，随着游戏的进行也能使用当伙伴全体选择相同的站位型态时所产生的「特殊攻击（スペシャルアタック）」及「特殊防御（スペシャルガード）」。如能妥善活用这些特殊行动将能够把敌人一扫而空，或是当跨越危机时所带来的爽快感可是无法言喻的。
随着游戏的进行，将也能够使用更为强力的特殊攻击及特殊防御 再来可不能遗漏的是，在本作品里所有的角色都能在战斗中使用道具这点。道具存在着攻击道具及回复道具等种类，虽然并不是全体角色都能够使用，但却能藉此使战略的幅度变得更为广阔。
在游戏序盘里由于能习得的食谱较少，以装备品来强化角色也稍嫌艰难，因此尽可能地调合出能在战斗时派上用场的道具，并毫不吝啬地妥善运用是让战斗变得有利的诀窍。
在本作品里连伙伴也能够使用道具。可别吝啬地进行运用吧 有如益智游戏般的新调合系统太过有趣了！
为「炼金术士」系列核心的调合系统，也在本作品里产生了极大的变化。选择想要调合的道具，选择投入的材料这点虽与之前相同，但在本作品里是将材料配置于面板内，有如益智游戏般的形式来进行。面板的大小将随着所选择的调合釜而有着差异，调合时所获得的效果也会随之变化。
选择想要调合的道具与使用的材料后，将材料投入调合釜的面板。发出蓝色或绿色光芒的地方，为产生奖励的格子。 调合的诀窍是，尽可能地将材料配置于众多的奖励格子内来取得奖励，此时当相同色系的格子越多，成品就能够获得越高的效果。
虽说如此，材料的大小及形状各自有着不同，调合釜的面板也并非都能够刚好容纳的下去。由于在已配置的某种材料上投入其他的材料后，将会使起初的材料所获得的奖励消失之故，因此玩家必需得慎重思考放入材料的顺序及位置。
尽可能以能够获得众多奖励的方式来配置材料为调合的诀窍。 关于这部分以文章的形式来进行说明虽然较为困难，但实际地进行操作将能够直接地理解，为了让作为目标的效果提升而让人不自觉地热衷起来，在尝试与失败中不断徘徊。这个新的调合系统非常的有趣，可说是本作品内最为引人注目的变更点。即使是持续游玩着「炼金术士」系列的玩家，也必定能以新鲜的感觉来享受调合的乐趣。
最后选择道具想要继承的特性后完工！ 充满个性的角色与温馨开朗的世界观也充斥着魅力
在游戏序盘的故事里，为了要取回普菈芙妲的记忆，苏菲将各式各样的食谱写进了普菈芙妲上，虽说她并非是刻意使世界陷入危机之中，但仍旧以非常温馨开朗的气氛来持续进行着故事。
写上了新的食谱，逐步找回普菈芙妲的记忆的苏菲 不仅只有苏菲及普菈芙妲，还有着身为青梅竹马的莫妮卡与奥斯卡，有些冷淡的表匠哈洛、提到人偶就变了个人的人偶师傅福利兹等，众多充满个性的角色于游戏中登场也是本作品的魅力之一。也准备了与这些城里的人们之间所交织出的众多事件，即便没有特别在意，也能够极为自然地融入本作品内的世界中。
与各种充满个性的角色之间的相遇正等待着苏菲 苏菲在此之后，思索着为了要让普菈芙妲的记忆更为复苏，而必需让它回复人形，为此将借助城镇里人们的力量而奔走着，但这次的体验报告也在此告一段落。
思索着藉由回复为人形，使普菈芙妲的记忆更为复苏的苏菲，但…… 为了要让普菈芙妲回复为人形，似乎能进行藉由炼金术所制造出的材料，来组合成普菈芙妲身体的自定义编辑要素「人偶装扮（ドールメイク）」，但究竟苏菲要怎么样把普菈芙妲变为人形呢，以及之后故事的发展，也请玩家们实际游玩游戏来亲眼确认。
保留了以往「炼金术士」系列的风格，在各个细节上加入了新要素的《苏菲的炼金工房～不可思议之书的炼金术士～》。以作为全新「炼金术士」的准则为目标所开发的本作品，令人感受到达到了预想之上的完成度。在这个秋天就请玩家们，与苏菲一同来研究炼金术的深奥乐趣吧。（来源：巴哈姆特 编辑：Sen）
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但是，与不可思议之书本「普菈芙妲」的相遇却让苏菲的命运产生了极大的变化
游戏的基本流程，果然还是采集炼金术所需的材料来进行道具的调合！
苏菲能藉由各式各样的行动来学习到食谱。
图鉴上也记载着能够灵光一现出下个食谱的提示。
