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自从光环启动，先行者与洪魔同归于尽之后过了十万多年。从石器时代成长起来的人类终于再次进入了太空，光速引擎的发明让人类在两百年的时间内在宇宙中建立了超过800个星际殖民地。为了防止殖民地叛乱，联合国太空司令部即UNSC开启了斯巴达2期计划，培育了一批超级战士，士官长就是斯巴达二期的一员。
突然有一天（士官长发现光环的27年前）UNSC失去了一个殖民行星-丰饶星的联系。从丰饶星开始，人类正式了解到，宇宙中还存在着地球以外的生命——星盟，一个狂热信仰神秘宗教的外星极端组织，包含各种奇形怪状的外星人（咕噜人、精英、豺狼人、鬼面兽、蜂兵、猎人、工程师）。而它们的领袖，正是我们前文提到过的先知！
星盟星盟认为人类的存在与他们的信仰相悖，于是要展开圣战，灭绝人类。凭借巨大的科技实力，星盟很快就把人类的外围殖民星球消灭掉（用等离子电浆熔掉整个星球）然而星盟拥有压倒性的科技实力，随着人类的军事重镇致远星的沦陷，找到地球，似乎只是迟早的问题。
光环战争的故事就发生在在丰饶星被摧毁以后，一艘UNSC军舰火灵号前往该星球探测星盟的活动，在任务执行中，舰长Cutter发现星盟在挖掘先行者的遗迹，而这个先行者的遗迹竟然是一个地图，并且指向了人类的另一个殖民地阿卡迪亚。
于是火灵号赶往阿卡迪亚，在与星盟激战一番之后，火灵号追随星盟，来到了一个未知的荒芜星球。在这里，人类首次发现了洪魔的存在。在对星球的探索中，火灵号发现了一个先行者船坞，从开口可以进入星球内部。进入之后，船员惊奇的发现该星球竟然几乎是中空的，只有一个伪装的表面和一个居于核心的微型太阳。此时他们理解到星盟的意图是，启动星球内部的整只先驱者遗留的舰队，依靠它们强大的火力来消灭人类。
最终火灵号的船员战胜了星盟小队，利用火灵号的光素引擎反应堆过载（这是光环里的经典招式，无论炸什么都会用到这招）引爆微型太阳，摧毁了整个行星和内部的舰队。
而缺少光速引擎的火灵号只有在宇宙里面漂流，全员进入了冬眠舱以度过漫长的星际旅行。
即将与我们见面的《光环战争2》讲得就是火灵号在宇宙中漂了几十年之后的故事，那时人类和星盟的战争已经结束，宇宙的格局发生了巨大变化。然而漂流在茫茫宇宙中的火灵号却对此一无所知，关于光环的一切只能由火灵号的船员（玩家）自己去探索。
（编辑：DY 视频：二囧子）